Votre personnage devra choisir au début s’il rentrera dans les rangs d’un village. Dans ce cas, il aura le choix entre les quatre grands Villages du monde Ninja :
- Konoha, dissimulé par les forêts du pays du Feu. - Kiri, isolé sur une île dans les mers du pays de l’Eau.
Actuellement, les deux autres villages sont fermés, mais ouvriront plus tard en fonction de l'affluence.
- Suna, protégé par les déserts du pays du Vent. - Iwa, jonché sur les montagnes du pays de la Terre.
Les joueurs qui voudront garder leur indépendance et ne pas avoir de village a servir pourront devenir des Vagabonds et adopter une façon de vivre et de progresser différente. Ceux qui décident de quitter leur village deviendront Nukenin, ninja déserteur, ou Ronin, samouraï déserteur, et ne pourrez plus que progresser à travers vos techniques inventées tout en étant considéré comme un criminel. Dans ces cas présents, vous pourrez voyager de village en village, a vos risques et périls, vous établir quelque part etc … Il existe toutefois pour les voyageurs qui naviguent entre la loi et la non-loi un endroit parmi tous, la Ville Souterraine, au fin fond du village d'Ame, accueillant les malfrats de tout le continent et proposant tous les services nécessaires.
Organisations
Vous pourrez aussi devenir membres d'Organisations, sans pour autant quitter votre village. Toutes ont des responsabilités, des privilèges et des inconvénients (Notamment pour les criminelles, vous rendant hors-la-loi) et ont chacune des conditions d’inscriptions. A vous de vous renseigner sur l’encyclopédie sur la manière de rentrer dans l’une d’entre elles. Notez que vous ne pourrez rentrer que dans une organisation a la fois. Elles sont divisées en deux types : Les organisations internes, propres a un village, comme les services spéciaux (ANBU …), les médecins, les instructeurs … et les organisations externes, pas forcément affiliées à un village, comme les groupes marchands, les syndicats du crime, les ordres religieux …
Pour finir, la dernière “bannière” que pourra porter un joueur est celle d'un Clan. Chaque clan est lié a un village propre, mais reste une cellule assez indépendante, si bien que leurs membres sont soumis a une éducation propre au clan. Comme les organisations, les clans possèdent des conditions d'inscriptions, mais plus importante et précise que celles-ci. En effet, les clans sont majoritairement liés par le sang, et l'histoire de votre personnage devra être cohérente.